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遗传学检测前遗传咨询和样本信息采集

来源:《遗传病分子基础》  作者: 曾溢滔  日期:2020-08-03

  检测前阶段始于临床医师的申请和检测要求、原始样本采集、原始样本的传递,直至检测实验开始。遗传学检测需要特别注意的是检测前遗传咨询和样本及样本信息采集。

  前者是获取信息、建立遗传病的诊断,进而合理选择检测项目的前提;后者则是检测实验正确、有效的前提。检测前、检测中及检测后质量控制具体措施可参考《遗传病相关个体化医学检测技术指南(试行)》进行。

  (1)样本的唯一性标识系统,样本信息的采集

  实验室应当建立对拟检测标本的唯一性标识系统。一般来讲,患者的唯一性标识包括患者的唯一性编号、患者的姓名、出生日期、性别等,有条件的医院尽量使用条码标志或其他唯一标识。患者的唯一性标识应当具有可追溯性,能够反映患者的姓名、出生日期、性别、住院号、送检医生等一般信息,并能够反映所申请的检验项目、患者的相关临床资料、样本的类型(血液、其他体液、活检组织、手术切除样本等)、样本采集时间,以及实验室接收样本的日期和时间等。对于有家族史的遗传性疾病,家族史是遗传病进行基因检测的重要信息,一般应完善至待检者三代以上的家系资料,包括临床表型、相关检查、发病年龄、病情严重程度等信息。

  患者的唯一性标识系统是保证样本得到正确处理和检测的前提条件。患者的唯一性标识及患者信息在样本的采集、运送、实验室接收、实验室检测、样本保存及安全处置等各个流转环节应当全程可跟踪。采集样本时和实验操作前均应进行样本信息复核。

DNA检测

  (2)样本采集 、运输与保存

  遗传病分子检测样本主要涉及血液(外周血、血斑等)、其他体液(尿液、唾液、胸腹水等)、活检组织或手术切除样本(骨髓、新鲜组织、冰冻切片、石蜡切片等)、胚胎样本(羊水、绒毛、脐血、胚胎的培养细胞样本和胚胎组织)等。根据检测项目和标本类型的不同,建立相应的标本采集、运送、验收、保存或安全处置的标准操作规程文件,并严格执行。

  ①样本采集样本采集一般由医护人员根据样本类型采用相应的临床操作规范完成。遗传病检测样本的运输容器应为密闭的一次性无DNase和RNase的装置。如果需要采用防腐剂、抗凝剂等,则应当注意不对核酸扩增及检测过程造成干扰。如血液和骨髓穿刺等需要先抗凝的样本,一般应使用EDTA或枸橼酸盐作为抗凝剂;如检测的靶核酸为胞内RNA,试管内应含有一定量的RNA稳定剂。

  ②样本运送、保存标本一经采集,应尽快送到分子检测实验室。样本运送、 保存的条件(温度、时间等)除考忠DNA或RNA的稳定性外,还与样本类型有关。通常而言,用于DNA检测的样本可在2~8℃保存72h以上。用于RNA检测时,样本一旦采集送达实验室后,如不能立即提取,应冻存于-70℃。临床体液或者新鲜组织样本如需长期保存(>2周)要放置于-70℃。冰冻组织样本最好保证其在运送过程中不发生融化,石蜡包埋组织则可在室温下运送、保存。盛放标本的容器中应该注明标本采集的日期和时间、运送时间、实验室接收时间、实验室接收时标本的温度。此外,标本的运送还应充分考虑生物安全问题,应符合相应的生物安全要求。

  (3)常见样本采集 、运送和保存的要求

  ①血液血清样本/全血样本如用于RNA检测,应使用含有RNA稳定剂的采血管进行采样。血浆样本如进行RNA检测,采样后必须对全血样本进行离心,如使用的为无分离胶的采血管,血浆应在4h内离心并转移到另一试管中;如使用的为带分离胶的采血管,可直接送至实验室。无菌条件下采集的DNA检测样本,可在室温下运送。当检测的靶核酸为RNA时,室温条件下可在10 min内运送到实验室;如所需运送时间较长,则可采用冰屑、干冰或者液氮保存条件下运送。

  如需长期保存的DNA样本可置于-20℃以下,RNA样本应置于-70℃以下。保存过程中避免反复冻融。干血斑(drybloodspots,DBS)样本适合用于DNA检测,可用常温运输。DBS保存需要注意防潮,应将DBS放入预置干燥剂的容器内,同时放置湿度指示卡,监测容器内湿度变化。

  ②组织不同组织之间DNA、RNA的含量变化较大。骨髓、淋巴结和脾等组织细胞数较多,样本的需要量相对较小;细胞含量较少的组织如肌肉、脂肪组织并不是基因组DNA检测的最佳选择。一般情况下,大于10 mg的样本便可获得大于10 μg的RNA、DNA.采集组织样本后,应浸于生理盐水中,以避免组织样本脱水。用于DNA提取的组织应迅速冷冻,并在冰上运送。一般来讲,组织中的DNA在2~8℃可稳定保存24 h,-20C至少2周,-70C至少保存2年。用于RNA提取的新鲜组织样本,应该置于稳定液中迅速保存在-70℃。立即置于-70℃冰冻的组织RNA可至少保存2年。如需进行原位分子检测(如FISH),组织应在检测前一直置于冰冻切片包埋液中并保存在-70℃。

  福尔马林固定石蜡包埋( formalin-fixed and parrffin-embedded, FFPE)组织一般情况下可以常温运输及保存。从FFPE样品中提取DNA和蛋白质的质量取决于样本采集、固定和包埋、包埋组织的保存、切片的处理程序等多个环节。一般FFPE组织目前不建议用于RNA的提取和检测。

  ③胚胎样本(产前诊断样本)胚胎样本包括绒毛膜活检(chorionic villus sampling,CVS)样本、羊水、脐带血、绒毛或者羊水培养的细胞以及其他来源于胚胎的细胞样本。胚胎样本的采集通常由产科医生按照其临床操作规范完成。一般CVS样本应为15mg以上,羊水样本需10mL以上。胚胎样本一般应在无菌组织培养液或生理盐水中运送,羊水标本可在无菌容器中直接运送,也可以离心收集细胞后置于无菌组织培养液或生理盐水中运送。胚胎样本常温储存一般不超过8h,短期无法进行检测的应置于- 20℃以下保存。

  所有胚胎样本的母体血液样本应一同送检,以排除胚胎样本受到母体细胞污染。常用母体细胞污染排除的方法为短串联重复序列( short tandem repeats, STRs)分析。

  ④DNA/RNA的保存提取后的 DNA可以在4C密闭容器中保存数月,-20℃以下低温长期保存。RNA可短期保存于-20 ~ -70℃的无RNA酶水或0.1 mmol/L EDTA中,长期保存于-80℃的乙醇或液氮中。长期保存时应对核酸样本进行小量分装,以避免反复冻融。长期保存后的核酸进行检测前应实验评估是否满足检测需求(表1)。样本长期保存的具体时间可根据各实验检测目的和实验室样本储存能力具体而定。

表1 分子诊断所需样本及需求量

分子诊断所需样本及需求量

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